on décide de la refaire totalement sur de plus vastes dimensions. Sa construction commence en 1567; le maître-d'oeuvre Jean de Renneville place le choeur au delà de l'ancien vers l'Est. Mais faute de moyens, les travaux s'arrêtent avant le transept qu'on garde ainsi que les deux travées qui le suivent vers l'Ouest; la troisième est convertie au fil des décennies en passage public, tandis que celles qui avoisinent la tour servent à divers usages civils.
Cette église qu'on avait voulu plus grande que la précédente ne sera jamais terminée selon le projet original; seul le choeur est réalisé; espace important avec déambulatoire et chapelles sur tout le pourtour. Comme la population de la ville s'accroît et qu'il devient impossible de continuer la construction vers l'Ouest puisqu'une large voie publique occupe l'espace, Victor Louis propose en 1783 :
de convertir l'espace des chapelles de confréries en quatrième et cinquièmes vaisseaux;
de reculer les murs Nord et Sud de la profondeur des contreforts pour y loger les autels des confréries : ils y seront adossés aux murs et non plus tournés vers l'Ouest comme jadis
(source de ce chapitre : www.ville-dunkerque.fr/fr/decouvrirdunkerque/)